Nous parlerons ici de l’analyse des pourcentages, mais en fait il est tout à fait possible de combiner aux pourcentages d’autres informations telles que la MFI, la cellularité. L’important est de pouvoir appliquer une transformation qui rapportera toues les informations initiales dans une échelle où elles sont comparables et analysables ensemble.
L’analyse des pourcentages s’appliquent aux résultats issus d’un large éventail d’approches, du gating manuel au gating automatique.
La première étape de cette analyse est de mettre en forme les données en les regroupant dans un tableau unique. Cette opération peut-être fastidieuse si les résultats sont répartis dans plein de fichiers et que la tâche n’est pas automatisée. L’analyse repose sur cette opération, et il est important d’être attentif aux copier/coller qui vont en être l’outil clé.
L’objectif est d’obtenir une table de cellules consécutives avec toute l’information utile. Il ne s’agit pas seulement de replacer tout sur une feuille Excel.
Excel peut être utiliser pour l’analyse, grâce à ses fonctions graphiques et ses formules statistiques, mais une telle démarche reste laborieuse et nécessite une bonne dose d’apprentissage.
Une alternative à Excel est l’utilisation du logiciel commercial Tableau. Tableau permet des représentations graphiques très avancées et relativement intuitives qui vont permettre d’avancer dans l’interprétation. Cependant Tableau manque des fonctions statistiques pour appuyer un résultat. Il est alors possible de le compléter avec un logiciel dédié aux statistiques (GraphPad Prism par exemple), mais uniquement pour quelques résultats les plus pertinents, car les copier/coller d’un logiciel à l’autre rendent cette combinaison inutilisable à grande échelle.
La démarche que nous suivons s’appuie sur MeV (Multi-experiment Viewer) qui propose à la fois la visualisation des pourcentages par des techniques exploratoires (heatmap, PCA) et plusieurs analyses statistiques.
Multi-experiment Viewer
permet d’explorer une table de pourcentages. Les lignes reprèsentent les populations de cellules, les colonnes représentent les individus, l’intersection est le pourcentages. Le tableau peut contenir des annotations supplémentaires, comme le parent d’une population ou les groupes des individus. On peut ensuite explorer le tableau via le clustering hiérarchique et l’ACP, réaliser des tests statistiques en masse. Nous avons remis en production cet outil issu de l’analyse du transcriptome. Il est parfaitement adapté au volume de données obtenues en cytométrie de flux. MeV a fait l’objet d’une présentation à l’AFC 2016 . Un tutoriel pas à pas est disponible. Vidéo de présentation rapide (11 minutes)
mev-pivot
est le compagnon de MeV. mev-pivot permet de réorganiser un tableau sous un angle différent de façon à organiser les données correctement pour MeV. En effet, MeV répète de façon automatique sur toutes les lignes (populations) du tableau un test statistique qui consiste à comparer des mesures effectuées sur des groupes d’échantillons (colonnes). Selon la question posée ou l’arrangement initial du tableau, une réorganisation des lignes et des colonnes est nécessaire. mev-pivot évite des manipulations sous Excel et ainsi des erreurs.
mev-prep
est un outil éducatif pour comprendre l’influence du scaling et du centrage sur la visualisation en heatmap.